基于大数据库寻找皮肤T细胞淋巴瘤潜在治疗药物

作者：陈欣; 谢祖成; 罗彬; 杨柳; 农雅丹; 李丝竹; 彭志刚^*

来源：广西医科大学学报, 2020, 37(03): 428-434.

DOI：10.16190/j.cnki.45-1211/r.2020.03.015

• 皮肤T细胞淋巴瘤
• Connectivity Map数据库
• 药物治疗

目的:通过基于大数据库的生物信息学分析,寻找皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)治疗新方法。方法:通过重新质控并整合分析CTCL细胞经罗米地辛处理前、后的基因表达谱(GSE110248),筛选差异表达基因,通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG信号通路富集;将差异基因导入Connectivity Map(CMap)数据库获得可对差异基因产生作用的药物分子,结合SubpathwayMiner软件包对CMap数据库中药物分子作用数据进行通路分析的结果筛选药物分子作用通路;利用STRING和Cytoscape 3. 5. 1构建蛋白-蛋白对接通路网络和药物-蛋白对接通路网络;利用Sybyl X-2. 1. 1进行分子对接验证候选药物与核心差异基因相互作用关系。结果:对GSE110248整合分析共获得630个差异表达基因,通过对差异基因富集后得到的12个CTCL相关KEGG通路和33个CMap数据库药物分子作用通路取交集,得到2条重叠通路和CMap数据库中14种作用于这2条通路的药物;通过绘制2个重叠通路中差异基因表达蛋白分子的PPI网络,确定WNT3为核心基因;最后,通过分子对接验证结果,筛选出茴香霉素、伊立替康、舒洛地尔、米安色林、罗格列酮、甲氟喹和屈氟尿苷为CTCL最具潜力的候选治疗药物。结论:生物信息学分析揭示CTCL药物治疗的分子机制,并为CTCL的抗肿瘤治疗提供新的思路。

• 单位
  广西医科大学第一附属医院