条斑紫菜叶绿体基因密码子偏爱性分析

作者：李国灵; 潘宗莲; 何雨阳; 高诗晨; 夏巧玉; 靳燕; 姚慧鹏^*

来源：基因组学与应用生物学, 2020, 39(12): 5789-5795.

DOI：10.13417/j.gab.039.005789

• 条斑紫菜(Porphyra yezoensis)
• 叶绿体基因
• 密码子偏爱性
• 最优密码子

条斑紫菜是一种具有重要经济价值的藻类植物,广泛应用于医学、纺织和食品等领域。本研究通过Python、OGDRAW、CodonW、CUSP、DNAstar及SPSS20等软件进行多元统计和密码子偏爱性分析,并获得了56个条斑紫菜叶绿体基因序列的GC1、GC2、GC3、ENC值和RSCU值,同时获得了条斑紫菜叶绿体基因组结构图和密码子使用热图。结果显示,条斑紫菜叶绿体基因的AT碱基含量高于GC碱基含量,说明其密码子偏爱于A/T碱基结尾。中性绘图分析、ENC绘图分析和PR2-plot分析结果表明影响条斑紫菜叶绿体基因密码子偏爱性的主要影响因素是自然选择。将高频密码子和高表达优越密码子结合,最终获得了9个条斑紫菜叶绿体基因的最优密码子,如UUU、UCA和CCU,均偏爱于A/U碱基结尾。研究结果为条斑紫菜的资源开发和培育利用,以及外源基因的稳定表达提供了重要的科学依据。

• 单位
  四川农业大学; 生命科学学院