红花ω6脂肪酸脱氢酶基因克隆及生物信息学分析

作者：官玲亮; 侯凯; 刘千; 邹宇婷; 易斌; 吴卫

来源：中国油料作物学报, 2013, 35(04): 372-383.

DOI：10.7505/j.issn.1007-9084.2013.04.004

• 红花
• ω6脂肪酸脱氢酶
• RT-RACE
• 亚油酸

采用RT-PCR和RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术,从红花未成熟的种子和叶片中分离到8个FAD2基因和1个FAD6基因片段,并全部提交至GenBank上。在NCBI中Blast结果显示,CtFAD2-1和Ct-FAD2-8与向日葵、大豆、棉花等种子特异表达的FAD2-1基因的同源性较高。而CtFAD2-2与其他作物中组成型表达的FAD2-2/CtFAD2-3有较高的相似性。将红花ω6脂肪酸脱氢酶氨基酸序列进行同源性比对,CtFAD2-1与CtFAD2-8的同源性最高,为79.9%;其次是CtFAD2-2与CtFAD2-1和CtFAD2-8,分别为70.8%和70.2%;而这3个FAD2基因与其余5个拷贝间的序列相似性均较低,在52.0%～61.0%之间;CtFAD6与CtFAD2之间的相似性极低,在18.0%～21.9%之间。红花8个FAD2均检测到内质网滞留信号,将其定位于内质网膜上,而CtFAD6 N-端检测到67bp的质体信号肽序列,将其定位于叶绿体膜上。疏水性和跨膜分析结果显示,除Ct-FAD2-6以外,其余FAD2均含有6个疏水区,分别跨膜4～6次。

• 单位
  四川农业大学; 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所