向日葵锈菌夏孢子转录组微卫星特征分析

作者：景岚; 赵诗慧; 王妍; 郭丹丹

来源：中国油料作物学报, 2016, 38(06): 824-830.

• 向日葵锈菌
• 转录组
• 微卫星特征

为大规模开发有效的向日葵锈菌SSR标记,根据向日葵锈菌转录组数据,使用Ubuntu 12.04 LTS系统的Perl操作平台MISA软件对向日葵锈菌转录组序列进行高通量微卫星SSR位点发掘。在15 946条转录本中发现20 861个SSR,平均3.97kb出现一个SSR。共发现244种碱基重复模式,(A/T)n所占比例最高,达到88.24%。在42 610条注释成功的向日葵锈菌unigene中,含有SSR的序列14 069条,共发现18 100个SSR位点,其中位于编码区1 057个,出现频率为0.382 2 SSR/kb,非编码区为0.300 1 SSR/kb;其中以单核苷重复基序为主导,共有19 046条,占总SSR的59.5%;其次是三碱基微卫星(804,占3.86%)。大部分微卫星长度小于20bp,长度大于20bp的仅占7.37%。研究结果显示,微卫星与基因平均表达水平存在关联,含微卫星基因的平均表达水平低于不含微卫星基因的平均表达水平。包含SSR的15 946条unigene中只有5 863个unigene获得了GO分类号,被注释到分子功能、生物进程、细胞组分三大本体。通过生物信息学软件得到的转录组SSR标记位点可用于后续向日葵锈菌遗传多样性研究,而且对其他非模式生物或新物种SSR标记开发也具有重要的参考作用。

• 单位
  内蒙古农业大学