hsa-miR-429的靶基因预测及功能分析

作者：吴嘉美; 刘梦瑶; 许何丽; 窦文静; 张新生; 王喜燕; 丁健; 谭洪友; 马恩鑫; 严疆豪; 张越^*

来源：解剖科学进展, 2019, 25(03): 312-315.

DOI：10.16695/j.cnki.1006-2947.2019.03.023

• hsa-miRNA-429
• 信号转导通路
• 功能富集分析

目的通过生物信息学方法预测hsa-miRNA-429的靶基因及其靶基因的可能功能。方法通过miRbase和Clustal在线数据库对miR-429的碱基序列及序列在各物种间的保守性和进化发展进行分析;应用TargetScan和miRDB数据库预测hsa-miR-429的靶基因;将预测得到的两个数据库的靶基因交集用DAVID在线数据库进行组织器官表达程度分析、功能富集分析和信号转导通路富集分析。结果 miR-429在人、大猩猩、鼠等多个物种之间具有高度保守性;人的miR-429与猕猴的hsa-miR-429-3p更为接近。两个靶基因预测软件预测的靶基因取交集后共有252个,在血管、肾组织中表达丰富度较高;涉及转录调控、心脏血管平滑肌细胞发育、心肌细胞增殖等51个生物过程,影响蛋白结合、DNA结合、转录因子结合等17个分子功能,显著富集于癌症通路、肾细胞癌、心肌细胞肾上腺素能信号转导等16个信号通路中。结论 hsa-miR-429的靶基因参与体内多种生物活动,且在癌症及心血管疾病的进展中起着重要作用。

• 单位
  公共卫生学院; 沈阳医学院