本发明涉及环境保护领域,特别是涉及一株去除重金属离子的红酵母MF4、菌剂及其应用。本发明提供了一株去除重金属离子的红酵母(Rhodotorulataiwanensis)MF4,所述的红酵母MF4的保藏编号为GDMCC No.61687。本发明所述菌株能够在低pH的条件下,实现去除多种重金属离子的效果。