河南省猪流行性腹泻病毒S和ORF3基因的克隆与序列分析

作者：赵丽; 韩昊莹; 张鸿鑫; 卢婷婷; 王文静; 陈红英^*

来源：华北农学报, 2018, 33(04): 25-30.

• 河南省
• 猪流行性腹泻病毒
• S和ORF3基因
• 序列分析

为了分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株S和ORF3基因变异情况,于2015年1-12月收集河南省规模化猪场的150份PED疑似病料利用RT-PCR方法进行S和ORF3基因检测,共扩增到15株PEDV的S和ORF3基因,回收纯化PCR产物克隆至T载体,并进行序列分析,结果显示,15株S基因与CV777相比,核苷酸同源性为93. 6%93. 9%,氨基酸同源性为92. 2%93. 1%,而且存在不同碱基插入和缺失; ORF3基因与CV777相比,核苷酸同源性为97. 7%100%,氨基酸同源性为93. 7%100%,与疫苗毒株相比,不存在氨基酸的缺失现象。进化树分析基于S基因扩增的15株独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系,与经典毒株CV777株亲缘关系较远。对于S和ORF3基因在整个进化关系中,试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远,15株河南株的S和ORF3基因存在基因变异,为河南省PED的分子流行病学研究和防控提供技术支持。

• 单位
  河南牧业经济学院; 河南农业大学