17种鼠李科植物的叶绿体基因组特征和密码子偏好性分析

作者：孟祎; 李菁; 杜少兵; 赵伊君; 周慧慧; 薛志鹏; 李怀珠; 王平; 王小平; 白吉庆^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-19.

• 鼠李科(Rhamnaceae)
• 叶绿体基因组
• 密码子偏好性
• 最优密码子

为研究鼠李科植物叶绿体基因组和密码子偏好性，本研究收集了17种鼠李科植物的叶绿体基因组，使用CodonW程序计算GC1、GC2、GC3等参数，利用Microsoft Excel 2021软件进行中性绘图等分析，利用REPuter软件识别散在重复序列，使用MISA软件分析确定SSR的类型。研究显示，RSCU>1的密码子有28个，其中有27个以A/U结尾，说明叶绿体基因组的同义密码子中偏好以A/U结尾。17种鼠李科植物GC的含量GC1 (46.492%)>GC2 (38.226%)>GC3 (29.908%)，ENC值均大于45，说明17个物种都存在较弱的偏性。中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析结果表明，鼠李科17种植物的密码子偏好性是由于自然选择和突变所致。最优密码子为7个，分别为AUU、GUU、ACU、CAA、GAA、UGU、GGU，均以A/U结尾。本研究结果可为鼠李科叶绿体基因工程的研究提供重要的参考，并有助于更好地探究植物的进化关系和亲缘关系。

• 单位
  咸阳师范学院; 陕西中医药大学