全民所有自然资源资产有偿使用制度改革面临着改革如何避免"一刀切"、如何计算自然资源的资产价值、如何确定有偿使用的范围以及如何发挥政府与市场各自作用等难题。为顺利推进改革,在实践层面应当有效落实"资源有价、使用有偿"的准则和"资源有限、使用有序"的准则;在制度保障层面应当加大自然资源资产有偿使用的立法力度,完善与自然资源资产有偿使用相关的政府管制规则、市场化规则、高效利用规则和绿色使用规则。