新型冠状病毒基因组5′非翻译区内部核糖体进入位点的生物信息学初探

作者：陈永乐; 平美萱; 李晓红^*

来源：华西药学杂志, 2021, 36(03): 241-247.

DOI：10.13375/j.cnki.wcjps.2021.03.002

• 新型冠状病毒
• 5′非翻译区
• 内部核糖体进入位点
• RNA二级结构
• 翻译起始
• 生物学信息

目的初步探索新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组5′非翻译区(5′UTRs)中的内部核糖体进入位点(IRESs),分析其翻译机制。方法对SARS-CoV-2基因组5′UTR进行序列比对和GC含量分析,用Mfold软件模拟RNA二级结构,用IRESfinder和IRESpy软件预测IRESs,并结合二级结构特征分析其翻译机制。结果 SARS-CoV-2基因组5′UTR中均含有IRESs。结合茎环结构特征,判断其IRESs属于第三类或第四类病毒IRESs,在真核起始因子和IRES反式作用因子的帮助下能直接招募核糖体。结论 SARS-CoV-2基因组中存在的IRES元件提示,SARS-CoV-2基因组可通过帽子依赖和非帽依赖两种机制起始翻译,大量抢夺宿主细胞的蛋白质表达系统,在完成自身病毒颗粒复制的同时阻断宿主细胞的生长。

• 单位
  四川大学