基于桑葚转录组测序的SSR位点分析

作者：王晖; 谢岩; 孙志超; 高玉军; 张东豪; 宋永学; 高妍夏^*

来源：分子植物育种, 2020, 18(01): 208-215.

DOI：10.13271/j.mpb.018.000208

• 桑葚(Morus alba L.)
• 转录组
• 简单重复序列位点

采用转录组测序技术对三个时期的桑葚进行转录组测序,建立桑葚的EST数据库。基于生物信息学方法分析桑葚转录组数据库的简单重复序列位点。从51 895条Unigenes中共检索出23 641条Unigenes含有44 867个简单重复序列位点,共计252种基序类型。在所有基序类型中,以A/T与AT/AT型出现次数最多。单核苷酸基序类型与二核苷酸基序类型出现频率最高,共计75.69%。基序长度以10～20 bp为主,重复次数集中5～18次。设计27 149对引物,随机选择20对引物,通过PCR验证,在4个桑树品种中展现出良好的重现性与通用性。桑葚转录组SSR位点类型丰富,具备开发出适宜于果桑选育的分子标记的潜力。

• 单位
  承德医学院