库蠓核糖体DNA内转录间隔区1序列的测定与分析

作者：岑常活; 韩晓静; 常琼琼; 段琛; 侯晓晖^*

来源：中国人兽共患病学报, 2018, 34(12): 1087-1094.

• 库蠓
• 近似种
• 分子鉴定
• 系统发育
• rDNA-ITS1

目的测定核糖体DNA内转录间隔区1(nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer 1,rDNA-ITS1)序列进行库蠓种类鉴别与系统发育分析,以探究rDNA-ITS1序列在库蠓分子鉴定和系统发育研究方面的适用性。方法采用DNA扩增、纯化、克隆及测序的方法获得荒川库蠓Culicoides arakawai、凹缘库蠓C.holcus、连斑库蠓C.jacobsoni、印度库蠓C.indianus、霍飞库蠓C.huffi和肩宏库蠓C.humeralis等6种库蠓的rDNA-ITS1序列,基于Kimura 2-parameter公式计算种内和种间遗传距离,应用MEGA 6.06软件分析DNA序列碱基组成并以环纹埃蠓Allohelea annulata为外群构建系统发育树(邻接法和最大似然法)。结果上述6种库蠓的rDNA-ITS1序列经过Clustal W比对及人工校对和编辑后的长度为352bp,其中T、C、A、G 4种碱基的含量分别为36.8%、13.0%、30.0%和20.1%,A+T的含量(66.8%)高于C+G的含量(33.1%);K-2p遗传距离在种内和种间具显著差异(t=32.430,P<0.05);系统发育树中不同种类库蠓各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支,其与形态学鉴定结果一致。结论本研究证实了rDNA-ITS1序列可用于进行库蠓及其近似种的分子鉴定和系统发育分析。

• 单位
  遵义医科大学