秀珍菇全基因组SSR位点分析及其在遗传多样性评估中的应用

作者：周思琦; 龚文兵; 夏志兰^*; 吴秋云; 王亚东

来源：湖南农业大学学报(自然科学版), 2023, 49(02): 176-182.

DOI：10.13331/j.cnki.jhau.2023.02.008

• 秀珍菇
• 全基因组
• 简单重复序列
• 碱基基序
• 遗传多样性

利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。

• 单位
  中国农业科学院麻类研究所; 湖南农业大学