探讨哮喘和SARS-CoV-2的相互作用关系的生物信息学分析

作者：李婧铱; 李宾; 訾晓琳; 李晓霞; 赵炜明^*

来源：标记免疫分析与临床, 2022, 29(10): 1729-1736.

DOI：10.11748/bjmy.issn.1006-1703.2022.10.020

• SARS-CoV-2
• 哮喘
• 差异表达基因
• 蛋白-蛋白互作
• 药物分子

目的 采用生物信息学方法探讨哮喘和SARS-CoV-2感染的相互作用关系及发生的潜在机制，为哮喘和新冠肺炎(COVID-19)进一步治疗提供新线索。方法 本文使用的研究数据来源于GEO数据库。利用R语言和Perl语言对数据进行预处理，筛选差异表达基因(DEGs),并获得GO功能富集分析、KEGG、Reactome、WikiPathways和BioCarta通路富集分析。通过Cytoscape软件获得蛋白质相互作用(PPI)网络分析可视化结果。使用RegNetwork数据库筛选与DEGs相互作用的转录因子(TF),再利用NetworkAnalyst构建miRNA-TF-mRNA共调控网络。最后，从DSigDB数据库筛选治疗药物。结果获得哮喘和SARS-CoV-2感染的数据集并且筛选得到25个受两者影响的重叠DEGs。GO功能富集分析和通路富集分析显示，DEGs参与病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体、补体和凝血级联反应通路。miRNA-TF-mRNA共调控网络表明关键基因与相关miRNA和TF之间复杂的调控关系。筛选到作用于DEGs的可能药物分子，包括雷洛昔芬、他莫昔芬和孕酮等。结论 在数据分析的基础上，找出哮喘与SARS-CoV-2感染的共同切入点，为分析SARS-CoV-2在肺部疾病中的作用提供了新思路。

• 单位
  哈尔滨医科大学附属第四医院; 齐齐哈尔医学院; 黑龙江中医药大学