基于SNP芯片撒坝猪保种群体的遗传结构分析

作者：邓俊; 刘艺端; 许文坤; 孙利民; 戚敏^*

来源：中国饲料, 2022, (17): 7-11.

DOI：10.15906/j.cnki.cn11-2975/s.20221702

• 撒坝猪
• 保种群体
• 遗传多样性
• SNP芯片
• 亲缘关系
• 家系结构

试验旨在从分子水平分析撒坝猪保种群体的遗传结构变化以及遗传多样性 ，拓宽遗传背景 ，指导和促进撒坝猪的保种工作。 利用“京芯一号”SNP 芯片对云南省楚雄州种猪场 100 头保种撒坝猪群体的 DNA 进行遗传群体结构分析。 结果表明：撒坝猪保种群体的有效群体含量(Ne)为 21，群体的多态性标记比例(PN)为 0.533，群体的期望杂合度(He)为 0.263，观察杂合度(Ho)为 0.275;G 矩阵表明公畜与母畜之间基因组亲缘关系呈中等；100 头撒坝猪保种群体可分为 A ～ G 7 个家系；在 100 头撒坝猪保种群体中，共检测到 3552 个长纯合片段(ROH)，长度在 8.20 ～621.32 Mb，每头撒坝猪含有 2 ～ 53 个 ROH，且平均个体 ROH 长度为(319.38±111.39)Mb。 该撒坝猪保种群体基于ROH 的近交系数(FROH)平均为 0.130，中位数大于 0.125。 本研究表明，该保种撒坝猪群体内家系数量适中，个别家系公畜数量较少，各家系个体数差异明显，群体中可能存在非撒坝猪的外来血缘，个体亲缘关系呈中等程度，近交程度较高，需要进行合理选配或者从原种场引入新的血统方式来确保撒坝猪遗传资源的多样性。