妨害传染病防治罪是新冠疫情中针对妨害防控措施类传播疫情行为最主要适用的罪名。对其准确理解和适用应在微观层面对主体、行为和危害结果进行必要司法限制,明确其过失的罪过形态,并在因果关系认定中引入疫学因果关系理论;在中观层面要将其与危害公共安全类犯罪进行区分,虽然罪名之间可能出现想象竞合的罪数形态,但行为之间在危害公共安全的直接危险性上具有本质区别;在宏观上,应注重区分罪与非罪,体现罪刑法定原则和宽严相济刑事政策,保持刑法的谦抑性。从而在微观、中观和宏观三个层面划定该罪的适用界域。