细茎石斛叶绿体全基因组序列特征及系统发育分析

作者：武立伟; 崔英贤; 聂丽萍; 徐志超; 王瑀; 宋经元; 焦连魁^*; 姚辉^*

来源：药学学报, 2020, 55(05): 1056-1066.

DOI：10.16438/j.0513-4870.2019-0940

• 细茎石斛
• 叶绿体基因组
• 细茎石斛复合种
• 系统发育
• 本草基因组学

细茎石斛是药用石斛的重要来源,也是正品枫斗的主要来源之一。本研究利用Illumina高通量测序技术对细茎石斛叶绿体全基因组进行测序,完成了其物理图谱绘制和基因组结构特征解析,并与近缘物种进行了比较和系统发育分析。细茎石斛叶绿体基因组全长为150 754 bp,两个反向互补重复区(IRs)长25 906 bp,大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)长度分别为84 818 bp和14 124 bp。共注释到123个基因,包括77个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因,其中17个基因含有内含子。生物信息学分析获得53个SSR位点,大多数位点具有A-T碱基偏好性。采用33条石斛属植物的叶绿体基因组序列构建系统发育树,结果显示细茎石斛复合种中的物种聚在同一个大支,说明其亲缘关系较近。本研究为细茎石斛的鉴定、细茎石斛复合种系统发育关系及其本草基因组学研究提供理论基础。

• 单位
  中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室; 中国中药有限公司; 中国医学科学院药用植物研究所