老年胃癌相关基因的生物信息学差异表达基因初步分析

作者：刘静; 何蓉蓉; 余云华; 张冬梅^*

来源：现代生物医学进展, 2020, 20(07): 1381-1384.

DOI：10.13241/j.cnki.pmb.2020.07.040

• 老年胃癌
• 差异表达基因
• 生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法分析老年胃癌与正常癌旁组织间的差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载基因表达谱,使用R软件筛选DEGs,通过STRING数据库构建DEGs蛋白互作网络,采用Cytoscape软件筛选网络中关键模块,运用FunRich软件对关键模块基因进行富集分析,并且对网络中的基因进行总生存期分析。结果:共筛选出163个DEGs,富集结果显示:关键模块基因的分子功能主要富集在MHC受体活性;生物过程主要富集在免疫反应;生物通路富集在Notch信号通路;生存分析发现高表达的SP8转录因子(SP8 transcription factor,SP8)基因导致老年胃癌患者总生存率降低。结论:通过本研究生物信息学方法分析的老年胃癌所富集的信号通路和SP8基因可能在老年胃癌的发生中具有作用。

• 单位
  蚌埠医学院; 中国人民解放军第二军医大学