基于生物信息学方法筛选EV71感染的关键基因和通路

作者：单志鸣; 杨俊梅; 孙红启; 李铁威; 成怡冰

来源：实用医药杂志, 2021, 38(04): 336-385.

DOI：10.14172/j.issn1671-4008.2021.04.016

• 肠道病毒A 71
• 基因综合表达数据库
• 差异基因

目的运用生物信息学方法分析EV71(Enterovirus 71)感染差异表达基因,探讨其发病机制并为临床诊疗提供标志物。方法应用NetworkAnalyst在线工具分析差异基因,并做GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析,进一步筛选关键基因。结果得到差异倍数2倍以上,P<0.05的上调基因173个,下调基因78个,GO分析结果显示主要富集在蛋白结合、核染色质结合、细胞骨架、负相调节DNA转录、凋亡、细胞对DNA损伤应激反应等;KEGG分析结果主要富集在MAPK(Mitogen-activated protein kinase)信号通路、p53信号通路、病毒感染等。蛋白互作分析前十的关键基因为CENPF、KNTC1、BRCA1、HELLS、KIF20B、CASC5、ECT2、KIF14、ASPM、CENPJ,分析发现BRCA1作为转录因子参与调控病毒感染的先天性免疫激活和感染过程的其他重要通路。结论凋亡等生物学过程和MAPK信号通路可能在EV71感染的过程中发挥重要作用,BRCA1参与调控EV71病毒感染多个重要的调控过程,可为进一步的机制研究提供理论基础。

• 单位
  郑州大学; 郑州儿童医院