长非编码RNA 00467基于竞争性内源RNA调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因参与胶质瘤细胞免疫及耐药的机制

作者：郗艳国^*; 张靖悦; 滕伟; 赵永辉; 程世翔; 董晓林; 梁赞; 王志峰; 李国京

来源：中华实验外科杂志, 2023, 40(09).

• 胶质瘤
• 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因
• 生物信息学
• 肿瘤微环境

目的探讨胶质瘤细胞中长非编码RNA 00467(LINC00467)通过竞争性内源RNA(ceRNA)机制调控丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶3基因(RIPK3)与肿瘤微环境(TME)及药敏性的关系及其机制。方法对癌症基因组图谱(TCGA)数据库和基因型-组织表达(GTEx)数据库胶质瘤及正常脑组织基因表达进行分析, 筛选差异表达基因(DEGs)(P<0.01且表达变化大于2倍的基因), 确定有意义的长链非编码RNA(lncRNA)-mRNA关系对, 进行生存分析。在Starbase v3.0数据库中筛选微小RNA(miRNA, miR)-lncRNA关系对, 确定ceRNA。在metascape、TISCH、CancerSEA数据库进行分析。取25例新鲜胶质瘤组织及25例正常脑组织, 应用荧光实时定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测基因表达。应用R软件包及SPSS统计分析软件对结果进行处理。结果对TCGA和GTEx表达谱进行差异表达分析, 发现6 095个差异表达的lncRNA(3 083上调, 3 012下调)和10 164个差异表达的mRNA(6 803上调, 3 361下调)。对胶质瘤中的319 795对候选lncRNA-mRNA对进行筛选, 确定LINC00467-RIPK3为研究对象, 发现LINC00467、RIPK3在胶质瘤组织高表达, 且呈正相关(r=0.66, P<0.01)。数据库分析发现RIPK3可能通过海绵吸附miR-3612与LINC00467形成ceRNA。生存分析显示LINC00467-RIPK3高表达的患者预后较差(P<0.05)。胶质瘤单细胞数据集分析发现RIPK3在巨噬细胞中高表达, bulk数据集分析发现RIPK3与巨噬细胞表面分子表达正相关(P<0.01)。应用使用表达数据估计恶性肿瘤中的间质和免疫细胞算法计算胶质瘤患者的免疫得分, 分析发现RIPK3与Estimate、基质计分、免疫计分以及肿瘤纯度显著相关(P<0.01)。药敏数据分析显示, RIPK3的表达与多种药物的半数抑制浓度(IC50)值有关(P<0.01)。qRT-PCR结果显示, 胶质瘤组织中LINC00467、RIPK3的表达水平高于正常组织(0.74±0.28、0.34±0.20, t=8.94、9.38, P<0.01), 而胶质瘤组织miR-3612的表达水平(0.57±0.27)低于正常组织(0.79±0.33, t=-2.17, P<0.01)。结论 LINC00467可能通过ceRNA机制促进RIPK3表达而参与胶质瘤TME和药敏性调控。

• 单位
  天津大学; 沧州市中心医院; 新疆医科大学