肺结核肉芽肿相关差异基因的生物信息学分析

作者：张娜娜; 曹华; 解琪琪; 万毅新^*

来源：世界最新医学信息文摘, 2018, 18(72): 39-41.

DOI：10.19613/j.cnki.1671-3141.2018.72.015

• 肺结核肉芽肿
• 分子机制
• 差异表达基因
• 生物信息学

目的探讨肺结核(Tuberculosis,TB)肉芽肿的基因表达和生物学过程的改变,为肺结核肉芽肿形成与发展的分子机制研究提供生物信息学依据。方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载肺结核肉芽肿的基因芯片数据集,应用生物信息学方法筛选差异表达基因,利用R语言cluster Profiler包进行基因本体论(Gene ontology,GO)及通路富集分析。结果共获得4762个差异表达基因,包括4359个上调基因和223个下调基因。差异表达基因主要涉及嗜中性粒细胞活化、嗜中性粒细胞脱颗粒等生物反应过程,介导抗原肽结合、肽结合等分子功能,富集于溶酶体腔、FCN1颗粒等。通过STRING数据库分析蛋白互作网络的中心节点蛋白,寻找关键(hub)基因。结论 ITGAM、PLAU、SERPINE、MAPK1、CXCR4、STAT1、CXCL9、IL8、MMP9、MMP1是肺结核肉芽肿的最相关特征基因,吞噬体、溶酶体、抗原提呈等信号通路与肉芽肿形成与发展密切相关,为我们下一步研究提供重要线索。

• 单位
  兰州大学第二医院