人呼吸道合胞病毒感染HEp-2细胞差异表达基因的生物信息学分析

作者：苏彦斌; 刘勇; 王烨; 王朔; 薛君宇; 张天笑; 彭向雷; 郑妍鹏; 张丽姝; 付远辉; 何金生^*

来源：中华实验和临床病毒学杂志, 2021, 35(05).

• 人呼吸道合胞病毒
• 生物信息学
• 信号通路

目的分析人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus, HRSV)感染HEp-2细胞后差异性表达的基因, 为发现HRSV防治的潜在靶点提供线索。方法在公共基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)中收集HRSV感染的HEp-2细胞表达谱数据。运用R语言分析在HRSV感染4、8、12和15 h均表现出差异表达的基因, 对其进行GO分析、KEGG通路分析、蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络构建等。以HRSV感染HEp-2细胞4 h后, 随机选择PPI中参与蛋白互作相对较高的基因在转录水平进行qRT-PCR验证。结果筛选出101个差异表达基因, 其中表达上调的有92个, 表达下调的有9个。功能富集分析发现HRSV感染引起HEp-2细胞中免疫应答及其信号转导等多条信号通路产生明显变化。选择的6个差异表达基因qRT-PCR验证结果与转录组数据趋势一致。结论 HRSV感染HEp-2细胞引起的基因差异表达及信号通路变化, 对HRSV致病分子机制及防治策略研究具有一定意义。

• 单位
  北京交通大学