环境资源案件具有一定的复杂性和跨区域性,加强生态环境保护的整体性和系统性,除了完善跨区域立法及建立健全跨区域执法协调机制外,如何突破行政区划限制,构建有效的生态环境跨区域司法保护也是生态环境整体保护的重要内容。本文从跨区域司法的视角,对祁连山国家公园生态环境跨区域司法保护中存在的主要问题进行分析,探讨了跨区域司法保护具体制度的构建,为实现祁连山国家公园生态环境的完整性和原真性保护提供思路和建议。