我国2020年下半年SARS-CoV-2病毒株的基因突变分析

作者：孙慧敏^*; 唐文彬; 张磊; 李济伟; 叶绍培

来源：厦门大学学报(自然科学版), 2021, 60(05): 898-905.

• 新型冠状病毒肺炎
• 新型冠状病毒
• 基因突变

基于2020年6月1日—12月1日GISAID网站(http:∥platform.gisaid.org)公布的来自中国(不含台湾地区)的全部21条病毒基因组序列,以2019年12月公布的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)参考株NC045512和MN996528进行各基因组错义突变位点分析,计算突变频率,寻找各突变最早出现的时间和地点,GISAID网站内搜索相似病毒株.结果显示:我国2020年下半年公布的北京市、浙江省、辽宁省大连市、云南省、山东省青岛市五地全部21个病毒株中共有18处错义突变,集中分布于Spike(S)、ORF1ab和Nucleocapsid(N)基因.S蛋白的D614G突变和NSP12(RdRp)蛋白的P323L突变具有最高的突变频率;除北京市的病毒株中发现的一个新突变位点外,其他位点突变均主要出现于欧洲或北美洲.根据突变位点分类,病毒株均属于欧洲的G支系,其中云南省的病毒株属于GH支系,与来自于泰国等亚洲的病毒株相似;山东省青岛市、辽宁省大连市、浙江省、北京市的病毒株属于GR支系,与来自欧洲的病毒株相似.综上,2020年下半年我国SARS-CoV-2病毒株主要为外源输入病毒株,在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)防控策略上要在各运输环节严防外源输入;病毒新突变在严格的防控措施下未发生扩散,进一步说明我国采取的防控措施非常有效.

• 单位
  厦门大学; 中国人民解放军空军军医大学; 中心实验室