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摘要
为了研究繁殖障碍母驴子宫细菌多样性，试验将11头3～5岁成年母驴按健康状况分为健康组(HG组)、子宫炎组(MG组)和屡配不孕组(SG组),分别采集每组的子宫分泌物，提取样本总DNA后对细菌16S rRNA的V3～V4可变区进行PCR扩增，利用Illumina MiSeq PE300平台进行高通量测序。对测序数据进行统计和OTU聚类并绘制稀释曲线，计算Alpha多样性指数(Chao、Ace、Shannon、Simpson、Coverage指数),并基于OTU聚类结果进行物种注释和统计、Beta多样性和菌群相对丰度差异分析。结果表明：共得到有效序列436 487条，其中HG组152 882条，MG组161 781条，SG组121 824条；有效序列长度主要分布在421～460 bp之间，平均序列长度为437 bp,其中HG组约为437 bp, MG组约为438 bp, SG组约为436 bp;根据序列97%相似水平划分得到的OTU数目为511个。SG组和MG组的Ace、Chao指数均高于HG组；Shannon指数以SG组为最高，MG组为最低；Simpson指数以MG组为最高，SG组为最低；三组Coverage指数均为0.99。三组细菌相对丰度高于1%的共10个门，占菌群相对丰度的95.74%～97.98%,分别为拟杆菌门(Bacteroidetes)、硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、Synergistetes菌门、Saccharibacteria菌门、螺旋菌门(Spirochaetae)、SR1＿Absconditabacteria菌门和软皮菌门(Tenericutes),优势菌门为拟杆菌门、硬壁菌门、变形菌门和放线菌门；三组细菌相对丰度高于1%的共37个属，占菌群相对丰度的66.60%～78.67%,分别为紫单胞菌属(Porphyromonas)、丝状杆菌属(Filobacterium)、弯曲杆菌属(Campylobacter)、梭杆菌属(Fusobacterium)、Oceanivirga菌属、棒状杆菌属(Corynebacterium)、嗜胨菌属(Peptoniphilus)、Ezakiella菌属、活动弯曲杆菌属(Mobiluncus)、蛋白胨链球菌属(Peptostreptococcus)等；优势菌属为紫单胞菌属、丝状杆菌属、弯曲杆菌属和梭杆菌属。经PCA法分析HG组、MG组和SG组在属水平PC1轴上的菌群组成差异解释度为48.54%,在PC2轴上的菌群组成差异解释度为15.02%;经PCoA法分析HG组、SG组和MG组在属水平PC1轴上的菌群组成差异解释度为37.76%,在PC2轴上的菌群组成差异解释度为23.44%;三组总体上菌群组成相似，但MG组个别样本与其他样本菌群组成差异较大。HG组的纤毛菌属细菌相对丰度在三组中最高，与其他两组差异显著(P<0.05);SG组的棒状杆菌属和克里斯滕森菌属细菌相对丰度在三组中均最高，与其他两组差异显著(P<0.05);MG组的拟杆菌属细菌相对丰度在三组中最高，与其他两组差异显著(P<0.05)。说明不同健康状况下母驴子宫细菌多样性具有明显差异。
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