扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响

作者：王玉荣; 杨成聪; 葛东颖; 尚雪娇; 张振东; 郭壮^*

来源：食品科学, 2019, 40(10): 134-140.

• 鲊广椒
• 引物
• 扩增区域
• MiSeq测序
• 细菌多样性

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1～V2区、V3～V4区和V4～V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V4～V5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P<0.05),而扩增V1～V2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P<0.05)。虽然扩增16S rRNA基因的V3～V4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P<0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P>0.05)。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V4～V5区。

• 单位
  湖北文理学院