本发明涉及一种基于频域扩散方程解析解的重建初始值测定方法,包括:获取光源照射待处理样本的幅度信息和相位移动信息;对所述幅度信息进行线性拟合得到第一斜率;对所述相位移动信息进行线性拟合得到第二斜率;根据所述第一斜率和所述第二斜率计算重建初始值。本发明为频域扩散光学断层成像提供了一种更精确,更贴近实验的重建初始值选取方法,相比于传统方法,本方法具有更稳定,更精确,更灵活等优势,对迭代重建的稳定性以及重建结果的质量会有较大提升。