高通量靶向Panel测序新型突变对癫痫遗传多样性的临床价值

作者：孙立; 邓哲治; 孟祥福; 姚婕; 曾汉兵; 彭刘亮; 刘玲; 陈剑明; 李龙毓; 黄海威^*; 邓杏飞^*

来源：广东医学, 2020, 41(02): 156-161.

DOI：10.13820/j.cnki.gdyx.20193500

• 癫痫
• 基因检测
• 高通量测序
• 靶向测序
• 新型突变
• 移码突变

目的采用高通量靶向Panel测序检测癫痫相关突变及通过千人基因组数据集对比发掘癫痫相关新型突变位点,探索癫痫遗传多样性的临床价值。方法共纳入癫痫病例169例,原发性癫痫69例,继发性癫痫100例,使用高通量靶向Panel测序检测癫痫相关突变。测序结果通过与千人基因组328个样本的数据集进行比较,按照(1)千人基因组对照数据集——全癫痫患者(原发+继发);(2)千人基因组对照数据集——原发癫痫;(3)千人基因组对照数据集——继发癫痫的分组查找差异,按照哈温平衡检验(HWEP>0.05)、χ2检验(P<0.05)筛选并按照突变的病例比例(≥10%)排序,结果与HGMD、ClinVar数据库比较,确定为新型突变。结果在癫痫患者组中发现新型突变13个;在原发性癫痫组中发现新型突变11个,其中4个为原发性癫痫患者特有位点;在继发性癫痫组中发现新型突变18个,8个为继发性癫痫患者特有位点。通过对突变基因的功能分析,得到了原发性和继发性癫痫特有的遗传致病位点和遗传易感性位点。结论高通量靶向Panel测序检测到的新型移码突变有效地揭示了不同癫痫类型的遗传多样性。

• 单位
  广东国盛医学科技有限公司; 中山大学附属第一医院