长非编码RNA和拷贝数变异关联分析鉴定和验证膀胱癌lncRNA预后标志物（英文）

作者：Wenwen ZHONG; Dejuan WANG; Bing YAO; Xiaoxia CHEN; Zhongyang WANG; Hu QU; Bo MA; Lei YE; Jianguang QIU^*

来源：Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology), 2021, 22(08): 664-684.

• 膀胱癌
• 拷贝数变异
• 长非编码RNA
• 预后

目的:探讨伴有拷贝数变异(copy number variation (CNV))的长非编码RNA(long non-coding RNAs (LncRNAs))在膀胱癌中的作用。创新点:鉴定与膀胱癌生存预后密切相关的伴有CNV的lncRNAs,构建风险评分模型。方法:对The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库中408例膀胱癌患者的mR NA、DNA甲基化和DNA拷贝数数据进行综合生物信息学分析,筛选获得不同的亚型、差异表达lncRNAs和编码基因,采用加权基因共表达网络分析(weightedgeneco-expressionnetwork analysis (WGCNA))方法鉴定共表达基因和lncRNA模块。使用Kaplan-Meier生存曲线评估CNV相关的lncRNAs对膀胱癌预后的影响,并用GSE31684数据集进行验证。结论:多组学整合分析显示与CNV相关的NR2F1-AS1、LINC01138、THUMPD3-AS1、LOC101928489、TMEM147-AS1是膀胱癌中的预后因子,并利用这些lncRNAs构建与膀胱癌的总生存预后有关的风险评估模型,且在GSE31684数据集中得到验证。这些lncRNAs可作为膀胱癌的预后生物标志物。

• 单位
  中山大学