γ射线辐射诱导水稻突变体的基因组变异分析

作者：张莉; 张勇; 张渊海; 张逸妍; 解涛; 彭选明; 杨震^*

来源：激光生物学报, 2021, 30(01): 59-66.

• 水稻突变体
• 辐射诱变
• 基因组测序
• DNA多态性
• 基因本体分析

辐射诱变技术广泛应用于水稻种质资源创新。为了明确辐射诱导突变的分子机制,采用二代高通量测序技术对水稻品种黄华占经辐射诱导获得的一个突变体湘辐1821进行全基因组变异分析。与参考序列蜀恢R498相比,在黄华占和湘辐1821中分别检测到758 215和799 434个单核苷酸多态性位点(SNPs),142 313和147 686个插入缺失(In Dels),16 775和18 382个结构变异(SVs)以及16 614和17 658个拷贝数变异(CNVs)。黄华占和湘辐1821的SNPs转换与颠换的比率约为2.5,这两种基因型SNPs以转换为主要类型。在黄华占和湘辐1821的InDels中短序列InDels远多于长序列,说明点突变为主要突变方式。拷贝数减少是黄华占和湘辐1821的主要拷贝数变异方式。同时对黄华占和湘辐1821重测序数据整合差异比较分析,两种基因型的差异SNPs有86 163个,In Dels有88 777个。对差异SNPs位点所在基因进行基因本体(GO)分析,3 092个候选基因中70%位于生物学过程中,该研究结果将对湘辐1821表型分析具有重要参考意义,同时为辐射诱导突变机制提供新的见解。

• 单位
  湖南省核农学与航天育种研究所