本发明公开了一种机翼一体化共形天线结构在线变形测量方法及系统,包括:获取机翼一体化共形天线结构的实际测量应变值;根据机翼一体化共形天线结构的实际测量应变值确定中性轴应变函数;基于所述中性轴应变函数,利用利用最小二乘法建立应变位移重构模型,再根据应变位移重构模型得节点位移,该方法及系统能够较为准确的对机翼一体化共形天线结构的变形进行在线测量。