胶质瘤中TRP基因家族预后模型的开发和验证

作者：郭兆刚; 栾涛; 邓超; 岳博; 祖静; 万研^*

来源：武警医学, 2022, 33(08): 675-680.

DOI：10.14010/j.cnki.wjyx.2022.08.012

• 瞬时受体电位基因家族
• 胶质瘤
• 预后模型
• 生物信息学
• 免疫微环境
• 基因组图谱

目的 探讨采用生物信息学方法，构建胶质瘤患者瞬时受体电位(TRP)基因家族表达的预后模型并进行验证。方法 从UCSC Xena数据库的TCGA target GTEx数据集中，提取癌症基因组图谱(TCGA)数据库523例低级别胶质瘤，171例高级别胶质瘤及基因组织表达(GTEx)数据库中105例正常脑皮质的RNA测序数据，使用R语言评估胶质瘤样本和正常脑皮质中TRP基因家族的表达差异；使用Lasso回归模型分析并构建TRP基因家族预后模型，并在中国脑胶质瘤图谱数据库(CGGA)中对该模型的预后效能进行验证，同时对高低风险评分的亚组进行免疫浸润分析。结果 TRP基因家族在胶质瘤中存在广泛的异常表达且与胶质瘤患者预后相关，并建立TRP基因家族相关的预后模型，在TCGA训练集中该模型的1,3,5年曲线下面积(AUC)值均大于0.8,在CCGA验证集中该模型的1,3,5年AUC值均大于0.6,证实该模型具有较好的预测价值。免疫浸润分析提示高风险评分组中患者免疫活性较差。结论 采用TCGA数据库成功构建TRP基因家族的预后模型，可为判断胶质瘤患者预后及指导临床治疗提供帮助。

• 单位
  武警辽宁总队医院