滑皮金柑全长转录组测序分析

作者：李智龙; 熊志伟; 尹辉; 高玉霞^*

来源：赣南师范大学学报, 2022, 43(06): 72-76.

DOI：10.13698/j.cnki.cn36-1346/c.2022.06.013

• 滑皮金柑
• 全长转录组
• 多聚腺苷酸化
• 融合基因
• 抗病基因

滑皮金柑(Fortunella crassifolia Swingle)为我国重要的柑橘类水果之一，为获得其完整的遗传信息，我们采用PacBio单细胞长链测序技术对滑皮金柑进行全长转录组测序，总获得13.81 G原始数据.经处理得到12 040个全长转录本，其中已知转录本为5 033个，已知基因的新转录本为5 589个，新基因转录本为1 418个，确定的新转录本占比为58%.全长转录本对应于6 984个基因，其中878个为新基因.经结构分析发现3 031个基因发生了可变剪切事件，占比为43.4%;6 106个基因至少含有一个poly(A)位点，且其中含有2个和2个以上的poly(A)位点的基因占比为42.3%;596个转录因子分布于82个转录因子家族；360个LncRNA序列和75个融合基因.通过对PacBio数据的进一步挖掘，该研究还发现了6个抗病基因，为滑皮金柑的抗病品种培育打下基础.

• 单位
  赣南师范大学; 国家脐橙工程技术研究中心; 生命科学学院