稀有细菌Leifsonia flava基因组信息挖掘及代谢物抗菌活性研究

作者：郭家辰; 章朦玥^*

来源：沈阳药科大学学报, 2020, 37(05): 443-448.

DOI：10.14066/j.cnki.cn21-1349/r.2020.05.013

• Leifsonia flava
• 全基因组测序
• 基因注释
• 抗菌活性

目的利用全基因组测序技术构建稀有细菌Leifsonia flava SYP-B2174T的基因组草图,解析其基因特性,挖掘次级代谢产物基因的资源。方法以Illumina HiSeq PE150测序平台对菌株SYP-B2174T进行全基因组测序,使用生物信息软件对测序数据进行基因组组装、基因预测与注释。使用琼脂扩散法对菌株的代谢产物进行抗菌活性测定。结果菌株SYP-B2174T基因组测序得到16个contig,总长为3 782 833 bp,G+C含量为68.6 mol%,注释到3 543个基因,包含3 455个蛋白,46个tRNA,3个其他RNA,35个假定蛋白,GenBank登录号为SPQZ00000000。预测得到聚酮类、非核糖体多肽样合酶和萜类化合物的生物合成基因簇,与现有基因簇相似度≤21%。拮抗实验结果表明菌株SYP-B2174T的代谢产物对6种人类致病菌的生长有抑制作用。结论 Leifsonia flava中具有众多次级代谢产物的合成基因簇且与已知基因簇相似度低,并且代谢物具有抗菌活性,可为今后开展活性化合物分类鉴定、基因改造、合成生物学的研究奠定基础。

• 单位
  沈阳药科大学; 中国医科大学附属盛京医院