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摘要
木通（Akebia）是重要的经济藤本，为了解木通叶绿体基因组密码子偏好性差异，以公开的叶绿体基因组数据为研究材料，提取相关完整的CDS （Coding DNA sequence）基因序列。利用CodonW软件，EMBOSS，seqinr R package对筛选出的CDSs进行生物信息学分析，并进行中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析和最优密码子筛选。结果表明，四种不同木通种的叶绿体基因组密码子的使用具有较强的偏好性，主要受突变和选择的影响。不同位置上的GC含量大小排序分别是GC1>GC2>GC3，表明叶绿体基因组密码子末位碱基偏好以A和T结尾。中性分析结果显示GC12和GC3的相关性极低且不显著。PR2-plot分析中，T碱基的使用频率>A、G碱基的使用频率>C；11个密码子确定为四种木通间通用的最优密码子。本研究为提高木通叶绿体基因组的外源性基因表达效率奠定基础。
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单位贵州大学; 铜仁职业技术学院
