马曰琯、马曰璐兄弟在文献学史上声名不显,但仍可联系清代学术背景与其相关事迹考见其目录学思想。他们编修《丛书楼书目》清点古籍、检索文献,并借此以“辨章学术、考镜源流”,进行一系列藏书、刻书、校勘等学术活动。马氏兄弟目录学思想除了承继与发展以往目录典籍外,其与诸多学术家的交游为其思想打上较明显的扬州学派的烙印。但与真正的目录学家阮元相比,马氏兄弟在真伪辨别与实用性收藏的取舍等方面依然有一定的局限性。