胃癌lncRNA预后风险评估模型的构建

作者：史爽; 李娟; 王雪; 王允山; 李培龙; 杜鲁涛; 王传新^*

来源：中国现代普通外科进展, 2020, 23(04): 253-262.

DOI：10.3969/j.issn.1009-9905.2020.04.001

• 胃癌
• LncRNA
• TCGA数据库
• 预后模型

目的:基于TCGA数据库构建胃癌lncRNA预后风险评估模型。方法:从TCGA数据库中下载胃癌基因组表达数据及临床信息,通过R语言"DESeq2"包分析得到差异表达的lncRNA。采用单因素Cox回归和多因素Cox回归分析构建预后风险评估模型,采用ROC曲线进行效能评估。结果:首先以logFC>1或logFC<1,Adjusted-P-Value<0.05为筛选标准,发现58个lncRNA差异表达。单因素Cox回归分析结果显示3个lncRNA(AC097478.1、AC097478.3、AL354719.2)与预后显著相关,多因素Cox回归分析成功构建预后风险评估模型,风险评分=-0.05425×AC097478.1+0.08442×AC097478.3+0.12647×AL354719.2。风险评分高的患者预后较差。模型的5年ROC曲线下面积AUC=0.964 (训练集)。结论:通过生物信息学分析,成功构建了基于AC097478.1、AC097478.3、AL354719.2的预后风险评分模型,具有良好的预测效能。

• 单位
  山东第一医科大学; 山东大学第二医院; 山东省医学科学院