紫苏SNP分子标记开发及遗传多样性分析

作者：姜涛; 刘灵娣; 田伟; 谢晓亮; 温春秀^*

来源：分子植物育种, 2021, 19(04): 1243-1249.

DOI：10.13271/j.mpb.019.001243

• 紫苏(Perilla frutescens (L.))
• SNP
• SLAF-seq技术
• 分子标记

紫苏(Perilla frutescens (L.))是一种药食兼用型的植物,具有丰富的营养价值和药用价值,本研究利用特异性位点扩增片段测序技术(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)对30份紫苏种质资源进行了分子标记开发,以‘日本晴’(水稻)为对照,测序获得紫苏全基因组范围内的SNP分子标记。通过测序共获得106.92 Mb Reads数据,各样本Reads数据在1 742 153～9 815 872之间,样本平均测序质量值Q30为95.91%;平均GC含量为39.16%。通过生物信息学分析,本研究获得406 599个SLAF标签,样本的平均测序深度为19.13倍,其中多态性的SLAF标签共有140 387个,共得到419 223个群体SNP标记。利用开发的SNP分子标记将30份紫苏种质资源分为2组,紫苏SNP分子标记的研究可为紫苏的遗传图谱构建、种质资源鉴定以及农艺性状的关联分析提供理论基础。

• 单位
  河北省农林科学院