财政专项资金是上级人民政府拨付本行政区域和本级人民政府安排的用于社会管理、公共事业发展、社会保障、经济建设以及政策补贴等方面具有指定用途的资金。这种资金都会要求进行单独核算,专款专用,不能挪作他用。而财政专项资金绩效审计的介入可以强化专项资金使用绩效,有利于加快发展社会经济,同时也是民主政治的题中之义。但因我国绩效审计起步晚,还有相当大的空间有待提高。本文主要针对当前财政专项资金绩效审计过程中存在的问题进行分析,针对问题提出相应的完善措施。