基于转录组测序的水稻品种间InDel标记开发

作者：张倩倩; 袁泽科; 赵焕焕; 孙红正^*

来源：分子植物育种, 2019, 17(16): 5334-5341.

DOI：10.13271/j.mpb.017.005334

• 水稻(Oryza sativa L.)
• 转录组
• 分子标记
• InDel

多态性分子标记是图位克隆和分子标记技术的基础,为了开发水稻品种间有多态性的分子标记,本研究利用转录组测序技术寻找水稻粳型亚种拉木加和水晶3号两品种间有多态性的InDel标记并进行实验验证,以期为水稻品种间分子标记开发提供参考。研究结果发现通过测序原始序列比对参考基因组后对得到的InDel以测序深度大于2 (DP>2)、等位基因频率等于100%(AF1=1)进行过滤后得到的多态性InDel可信度较高,而通过转录组组装序列比对比较两品种间的InDel假阳性率比较高。利用该方法两个品种转录组数据共发现多态性InDel 279个,随机选取其中24个InDel进行验证,阳性率为91%。本研究利用转录组测序技术开发水稻亚种内品种间InDel标记效率较高,可用于基因图位克隆、品种指纹图谱构建等。

• 单位
  河南农业大学