食管鳞状细胞癌中驱动基因的多组学关联分析

作者：席奕轶; 施新泽; 林霖; 郭文佳; 刘天媛; 王雨芊; 林东昕; 吴晨^*

来源：医学研究杂志, 2020, 49(01): 100-107.

DOI：10.11969/j.issn.1673-548X.2020.01.021

• 食管鳞状细胞癌
• 驱动基因
• 多组学
• 预后

目的探讨食管鳞癌驱动基因的体细胞突变、拷贝数改变、基因表达和DNA甲基化等多个分子层面的改变及其交互影响。方法从肿瘤基因组图谱计划(TCGA)下载95例食管鳞癌多组学数据,结合实验室前期91例患者测序结果进行分析;根据驱动基因突变将患者分组,对两组患者的基因表达水平进行非配对t检验;通过Spearman秩相关进行拷贝数改变、DNA甲基化与驱动基因表达水平的关联分析;通过Log-Rank检验对突变组和非突变组患者生存曲线进行比较。结果多维度数据关联分析结果显示,驱动基因TP53、RB1、ZNF750和PTCH1的表达水平在突变组与非突变组间比较,差异有统计学意义(P=0. 011,FC=1. 43; P=0. 045,FC=0. 44; P=0. 012,FC=2. 20; P=0. 011,FC=2. 62);驱动基因CUL3、PIK3CA、RBPJ、FBXW7、CDKN2A、PTEN、RB1和CERBBP的表达水平与其拷贝数改变呈显著正相关;多个驱动基因表达受启动子和基因体甲基化的共同调控,并且在两部分数据中存在差异;驱动基因CREBBP(P=0. 000)和FAT1(P=0. 002)的突变与患者预后相关,可作为食管鳞癌潜在的预后标志物。结论通过对食管鳞癌多组学数据的整合分析,阐述了食管鳞癌中体细胞突变、拷贝数改变、DNA甲基化与20个驱动基因表达水平的关联,并发现CREBBP和FAT1的突变可能成为食管鳞癌患者潜在的预后标志物。这些结果为进一步探究驱动基因在食管鳞癌中的功能机制奠定了一定基础。

• 单位
  分子肿瘤学国家重点实验室; 北京协和医学院; 中国医学科学院