基于Miseq测序技术分析黄颡鱼不同养殖模式下池塘微生物群落结构多样性

作者：王一亭; 李波; 王厚红; 吴法龙; 张磊^*

来源：水生生物学报, 2020, 44(04): 781-789.

DOI：10.7541/2020.094

• 黄颡鱼
• 池塘水体及底泥
• 高通量测序
• 微生物多样性

利用Miseq测序技术分析了黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco (Richardson)三种养殖模式[(黄颡鱼单养、黄颡鱼混养草鱼(Ctenopharyngodon idellus, Valenciennes)和黄颡鱼混养草鱼、鳙(Aristichthys nobilis,Richardson)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix, Valenciennes)]下养殖水体及底泥微生物群落结构多样性。结果显示, 12个样本共获得了655100条合格16S rDNA序列,每个样本获得的有效序列数目为41256—77508,可归纳为608—3686个分类操作单元。α多样性指数结果表明,在三种养殖模式下末期水体的微生物群落丰度和多样性均高于养殖初期,黄颡鱼混养草鱼模式下水体的群落丰度最高(Chao1指数:2199.25, ACE指数:2374.60),黄颡鱼混养草鱼、鲢、鳙模式下水体微生物群落多样性最高(Shannon指数:4.88, Simpson指数:0.021)。样本聚类分析及PcoA主坐标分析结果表明,黄颡鱼单养及黄颡鱼、草鱼混养模式下的水体和底泥的菌群组成及群落结构相似性较高,黄颡鱼、草鱼、鲢、鳙混养模式下样本单独形成一类。从门水平的比较分析发现,所有样本检测到细菌有8门,其中变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度在所有样本中占绝对优势地位。放线菌门(Actinobacteria)在养殖末期升高成为水体中占比第二的优势门,尤其是黄颡鱼混养草鱼模式下(37.6%)。黄颡鱼在单养模式下,养殖末期水体拟杆菌门(Bacteroidetes)细菌含量均明显增加(1.95%到10.98%)。从属水平的比较分析发现,各样本之间的优势属组成有较大差异,其中黄颡鱼在单养模式下水体样本中气单胞菌属(Aeromonas)在养殖末期丰度占优势(5.81%)。从微生物群落结构和多样性的角度考虑,黄颡鱼、草鱼、鲢、鳙混养是一种值得推荐的养殖模式。

• 单位
  中国科学院水生生物研究所; 武汉市农业科学院