非特异性间质性肺炎相关基因筛选和生物信息学分析

作者：李德峰; 毛杨; 付万垒^*

来源：中华肺部疾病杂志(电子版), 2022, 15(03): 306-310.

• 非特异性间质性肺炎
• 差异表达基因
• 生物信息学

目的 通过生物信息学的方法筛选非特异性间质性肺炎（nonspecific interstitial pneumonia,NSIP）的致病基因，为进一步研究提供靶点。方法 从GEO数据库下载基因芯片数据集GSE110147、GSE21369、GSE40839，使用limma包分析工具筛选正常组织与NSIP的差异表达基因。通过clusterProfiler包对差异表达基因进行GO分析和KEGG通路富集分析，找到NSIP发病过程中差异表达基因主要参与的生物功能及其集中的信号通路。利用STRING数据库和CYTOSCAPE软件构建蛋白相互作用网络，使用MCODE软件提取蛋白相互作用网络中的子网络模块。结果 3个数据集的差异表达基因做韦恩图得到3个共同差异表达基因。GO富集分析表明NSIP中上调的差异表达基因主要影响RNA剪接、抗病毒感染、对肽的细胞反应等相关的生物过程，富集的分子主要参与细胞组分的囊腔合成分泌、剪接复合体，富集的分子功能主要参与ATP酶活性，受体配体活性及DNA结合转录激活因子活性。NSIP中下调的蛋白主要涉及转移酶活性调节的生物过程。KEGG通路分析表明NSIP中上调的差异表达基因主要参与PI3K-Akt、人类乳头瘤病毒感染及MAPK等信号通路。结论 利用生物信息学筛选出差异表达基因，可能是NSIP发病机制的新靶点，对诊断治疗NSIP具有临床意义。