猪流行性腹泻病毒广西变异株全基因组序列测定与分子遗传进化分析

作者：沙奕羽; 刘金凤; 秦树英; 孙倩; 宋瑞鹏; 白安斌; 覃绍敏; 许力士; 陈凤莲; 马玲; 吴健敏^*

来源：基因组学与应用生物学, 2022, 41(08): 1692-1702.

DOI：10.13417/j.gab.041.001692

• 猪流行性腹泻病毒
• 全基因
• 序列分析
• 遗传进化

为了解近年广西地区猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)基因组特征和分子遗传多样性，本研究设计11对特异性引物，对中国广西南宁猪腹泻病例中检测到的1株PEDV GXNN进行了全基因组测定，同时进行相似性比对、遗传进化、基因变异及S基因重组分析。结果显示，广西变异株GXNN与其他PEDV分离株具有相似的基因组特征，基因组全长28 035 bp,与不同参考株核苷酸相似性为96.4%～98.7%,S、ORF3、M和N基因核苷酸相似性分别为93.7%～98.9%、 90.9%～99.4%、 97.4%～99.7%和95.6%～99.2%;氨基酸相似性分别为92.9%～99.5%、 91.3%～99.1%、 97.4%～99.1%和96.4%～99.5%。GXNN与近年国内大多数分离株亲缘关系较近，处于同一分支，为GII-b亚型，而与经典疫苗毒株、国内早期流行株、国外流行株及广西CH-GX-2015-750A分离株亲缘关系都较远，为不同亚型。与目前常用5个疫苗毒株相比，S基因变异较大，在118、 844和905位插入氨基酸Q,在COE(Core neutralizing epitope)区和主要抗原表位区发生4个独特的氨基酸位点突变，其他区域发生14个位点突变；ORF3、M和N基因分别在126位、 4D4区和PN-D4区发生126 T/A、 199 A/V和103 T/A突变。重组分析发现在S基因的高变区826～3 142 nt存在1个潜在的重组区域。本研究成功获得1株PEDV全基因组序列，对其进行遗传变异分析，为PEDV分子流行病学研究和新型疫苗研发提供参考依据。

• 单位
  广西壮族自治区兽医研究所; 广西大学