猪源致病性大肠杆菌基因组比较与毒力因子分析

作者：吴莉丹; 冉雪琴; 牛熙; 黄世会; 李升; 王嘉福^*

来源：生物技术通报, 2023, 39(12): 287-299.

DOI：10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2023-0578

• 猪源致病性大肠杆菌
• 致病力
• 全基因组
• 基因分型
• 毒力因子基因

不同菌株猪源致病性大肠杆菌的致病力有较大差异，通过着重研究菌株基因组中携带的毒力因子种类和数量，以解析猪源大肠杆菌致病的分子机制。利用二代高通量DNA测序技术测定猪源致病性大肠杆菌的基因组DNA序列，通过生物信息学方法，分析不同毒力菌株的基因组结构特征、进化类型、携带的毒力因子基因及其碱基变异，采用PCR方法对候选毒力因子基因进行验证。猪源致病性大肠杆菌不同毒力菌株的基因组全长范围为4.62-5.3 Mb，含有3 364-3 557个编码基因，菌株的系统进化群和多位点序列分型多属于A群和ST10克隆复合群。6株菌携带112-280个毒力因子基因，强毒菌株的毒力因子基因尤其是毒素基因多于弱毒菌株，且各菌株分泌系统基因的数量变异较大。此外，毒力因子基因中检测到插入缺失、移码突变和无义突变等高影响碱基变异。采用PCR验证了代表性毒力因子基因及其变异。猪源致病性大肠杆菌的毒力与基因组长度、编码基因的数量和变异相关，与GC含量、前噬菌体和CRISPR序列没有必然联系。

• 单位
  生命科学学院; 贵州大学; 动物科学学院