白斑狗鱼雌、雄基因组混池重测序研究

作者：张俊杰; 赵瑞阳; 蒋丽; 胡琼; 李菁; 唐露; 李胜忠

来源：淡水渔业, 2020, 50(03): 17-25.

DOI：10.13721/j.cnki.dsyy.2020.03.003

• 白斑狗鱼(Esox lucius)
• 混池重测序
• SNP
• Indel
• 性别特异序列

为研究白斑狗鱼(Esox lucius)雌、雄基因组差异,实验对20尾雌鱼和20尾雄鱼分别进行混池重测序。测序结果显示:雌、雄池待分析测序数(clean reads)分别为282 400 688条和277 391 000条,碱基测序错误率(Q30)为94.44%和93.98%。经过与参考基因组比对分析,得到2 076 647个雌性SNP和2 076 942个雄性SNP;105 810个雌性Indel和647 466个雄性Indel;具有显著性别特异的SNP位点10个;使用SNP-Index算法筛选出性别特异区域26个。对雌、雄基因组进行比对和组装分析,分别获得雌、雄特异序列524条和500条。选择116条雌性和160条雄性特异序列进行PCR验证,得到一条长度为773 bp具有雄性偏向性的序列。

• 单位
  中国水产科学研究院; 新疆农业大学; 动物科学学院