奶牛CSF3基因遗传多态性筛查及其生物信息学分析

作者：吴佳; 陈朗; 姜涛; 黄国明; 李倬; 李耀东; 张丽; 刘丽霞^*

来源：浙江农业学报, 2020, 32(06): 986-993.

• 奶牛
• CSF3
• SNP
• 生物信息学分析

为探究奶牛集落刺激因子3(CSF3)基因的遗传免疫功能,采用DNA混合池扩增后用直接测序法对奶牛CSF3基因的5个外显子进行单核苷酸多态性(SNP)位点筛选,并采用生物信息学方法对CSF3基因开放阅读框(ORF)区、编码蛋白质信号肽跨膜区、氨基酸理化性质、蛋白质亲/疏水性、mRNA二级结构、蛋白质二级和三级结构进行预测分析。结果显示,奶牛CSF3基因外显子2上存在3个SNP位点,分别为T66C、C67A、C118A,全部为错义突变,分别导致丝氨酸(Ser)、脯氨酸(Pro)变为组氨酸(His)。mRNA二级结构预测结果表明,T66C和C67A降低了奶牛CSF3基因mRNA二级结构稳定性,而C118A增大了其稳定性。理化特征分析结果表明,奶牛CSF3基因全长为1 460 bp,共编码195个氨基酸,是一种混合型可溶蛋白,编码产物存在信号肽跨膜区,其二级结构的主要成分为α-螺旋和无规则卷曲。

• 单位
  西北民族大学