肝细胞肝癌潜在预后分子标志物筛选

作者：卓恩清; 吴依霖; 蔡长青; 刘文哲; 李昆松; 赵文珍

来源：中华肿瘤防治杂志, 2021, 28(14): 1093-1098.

DOI：10.16073/j.cnki.cjcpt.2021.14.10

• 肝细胞肝癌
• 蛋白互作网络
• 预后生物分子标志物
• 功能富集分析

目的探讨肝细胞肝癌相关基因及潜在的可能致病机制,并筛选判断预后的分子标志物。方法在GEO数据库中下载数据集GSE76297,并挑选其中肝细胞肝癌病例。用R语言统计分析差异表达基因(DEGs)并构建其蛋白互作网络(PPI)导入STRING数据库。使用Cytoscape软件对DEGs进行模块分析,并对这些模块进行功能途径富集分析。使用CytoHubba中的12种算法计算出现频率最高的核心基因。在TCGA上验证核心基因对肝细胞肝癌患者总生存期(OS)的预测价值。进一步采用qPCR和蛋白质印迹法分别检测肝细胞肝癌组织和正常肝组织样本差异表达的基因定量水平。结果 R语言统计分析得到总共752个DEGs,包括247个上调基因及505个下调基因,功能富集分析主要有肿瘤通路和肿瘤转录失调等。Cytoscape分析得到包括356个点和2 697个连接的PPI网络,并得到两个具有显著意义的模块,功能富集分析主要在M期和外源性药物分解过程等方面。出现频率最高的核心基因分别为TOP2A、ACACA、CDK1和FOXM1,OS分析提示其对肝细胞肝癌患者的预后均具有显著预测价值。qPCR和蛋白质印迹法定量分析发现,肝细胞肝癌组织中TOP2A、ACACA、CDK1、FOXM1表达水平均显著高于正常肝组织,P<0.05。结论 TOP2A、ACACA、CDK1和FOXM1可以作为肝细胞肝癌患者生存预后的潜在生物分子标记物。

• 单位
  南方医科大学南方医院; 广东省第二人民医院