新政府会计制度是会计制度不断发展与完善下的产物,有效解决了以往会计制度不统一造成的信息对接等问题,降低会计处理的难度,但是随着新政府会计制度在行政事业单位不断得到执行,部分行政事业单位在执行过程中理论与实践之间存在差异性的问题逐渐凸显,本文以医院新政府会计制度的实践应用为例,对理论与实践之间的差异性进行深入探讨,明确新政府会计制度下差异性问题的账务处理办法。