法洛四联症microRNA差异表达谱与临床胎儿基因芯片结果的功能及通路分析

作者：朱雨捷; 朱湘玉; 顾雷雷; 张颖; 倪梦瑶; 李洁

来源：中国优生与遗传杂志, 2019, 27(11): 1303-1409.

DOI：10.13404/j.cnki.cjbhh.2019.11.008

• 法洛四联症
• microRNA
• 基因芯片
• microRNA靶点预测
• 通路分析

目的对法洛四联症胎儿组织差异microRNAs(miRNAs)表达谱进行生物信息学分析,并和我院临床胎儿基因芯片结果进行比对,以期从整体水平揭示miRNAs在法洛四联症中的作用。方法我们从GeneExpressionOmnibus(GEO)数据库上搜索法洛四联症相关的miRNA数据集(GSE35490),并基于R语言limma包筛选特异性miRNAs(P值<0.05,|log2Fold Change(FC)|值>1),利用计算方法预测这些miRNAs作用的靶基因与我院27例法洛四联症胎儿的基因芯片数据进行比较取靶基因交集,将这些靶点在通路数据库中进行富集统计分析。结果数据集筛选出29个差异的miRNAs,和基因芯片的交集筛选出2841个靶基因,最终富集出可能和法洛四联症相关的20条GO功能和11条反应通路。结论法洛四联症是一个复杂疾病,尽管不同的miRNA功能和作用机制不同,在通路层次上我们可以系统地注解它们的功能和作用。

• 单位
  南京大学医学院附属鼓楼医院